צמחיית מים וצמחיית גדות עשירה במיוחד נמצאת בנחל קיבוצים, בעיקר בחלקו העילי, שהוכרז כשמורת טבע. בגדות צומחים בעיקר קנה מצוי, אשל הירדן, סוף מצוי, קנה סוכר גבוה, פטל קדוש וטיון בשרני. במקומות הלחים שמחוץ לגדות צומחים גם סמר ימי וצמחים נדירים למדי כגון אגמון החוף וערידת הביצות. בפארק המעיינות שרדו גם צמחים שעומדים בפני סכנת הכחדה כגון מכבד הביצות, קוצן מכונף, לוטוס צר עלים  וכריך שעיר.